Sekce správní
Odbor finanční
Odbor finanční připravuje návrhy rozpočtů a závěrečných účtů NKÚ, zpracovává rozpočtový výhled a odpovídá za účelné a hospodárné použití prostředků NKÚ. Podílí se na zpracování a řízení programů zařazených do informačního systému programového financování. Vede účetnictví NKÚ, kontroluje správnost účetních dokladů a zajišťuje úhradu finančních závazků NKÚ. Vyplácí mzdy a řeší další finanční nároky zaměstnanců.
Odbor hospodářské správy
Do činnosti odboru hospodářské správy patří pořizování, správa a údržba majetku. Zajišťuje také úklid, údržbu, opravy a provoz služebních vozů, správu sídla NKÚ a školicího střediska Přestavlky.
Odbor personální
Personální odbor se zabývá pracovněprávními vztahy v NKÚ, kontroluje dodržování pracovněprávních předpisů, vede evidenci zaměstnanců a povinné výkaznictví. Spravuje agendu veřejných funkcionářů v centrálním rejstříku oznámení. Zajišťuje vzdělávání a rozvoj zaměstnanců a podílí se na přípravě zahraničních odborných seminářů. Do odboru je také organizačně začleněna Dětská skupina při NKÚ, která poskytuje předškolní péči pro děti zaměstnanců.
Odbor informatiky
Odbor informatiky spravuje informační systémy NKÚ, zajišťuje provoz techniky pro zaměstnance úřadu a provoz serverových systémů. Do kompetencí odboru patří i správa komunikačních sítí. Zaměstnancům NKÚ také poskytuje uživatelskou podporu. Odbor také řeší investiční projekty z oblasti informačních technologií.